چرا با کیت A، کنترل منفی‌ها مثبت کاذب می‌شوند اما با کیت B، مثبت کاذب مشاهده نمی‌شود؟

به منظور پاسخ به این سوال بهتر است ابتدا با انواع آلودگی در بخش مولکولی آشنا شویم.

عمومی‌ترین منشاءهای آلودگی‌ به شرح ذیل است:

۱-الگوی DNA اصلی (نمونه استخراج شده)

۲-مولکول‌های کلون شده که ژن هدف را حمل می‌کنند (مثل کنترل مثبت که پلاسمیدهای حاوی ژن هدف است)

۳-امپلیکون‌ها (مولکول‌های تکثیر شده از PCR قبلی)

۴- سایر منابع آلودگی: گاهی ممکن است نمونه‌های مورد بررسی با DNA انسانی آلوده شوند به این صورت که یک قطعه میکروسکوپی از پوست یا حتی شوره می‌تواند عامل آلوده کردن PCR باشد و به صورت بالقوه منجر به نتیجه نادرست گردد.

جواب سوال:

در نتیجه جواب مثبت کاذب کنترل منفی می‌تواند وجود امپیلیکون‌های تکثیر شده با کیت A در محیط کار باشد که اگر کیت B پرایمرهایش قابلیت شناسایی این توالی را نداشته باشند با کیت B نتایج مثبت کاذب حذف می‌شود. در چنین شرایطی بهتر است برای مدت کوتاهی از کیت تشخیصی استفاده کنید که توالی‌های هدف آن متفاوت از کیت قبلی باشد.